Наукові дослідження в НФаУ проводяться за наступними напрямками:
- хімічний синтез і аналіз біологічно активних речовин, створення лікарських засобів синтетичного походження;
- фармакогностичне вивчення біологічно активних речовин, створення лікарських засобів рослинного походження;
- створення складу і технології одержання біологічно активних речовин та лікарських засобів природного походження (крім рослинних);
- фармакологічні дослідження біологічно активних речовин і лікарських засобів синтетичного та природного походження, їх застосування у медицині;
- організація фармацевтичної справи, менеджмент і маркетинг у фармації;
- створення гомеопатичних лікарських засобів;
- розробка складу і технології ветеринарних засобів;
- створення лікувально-косметичних засобів;
- педагогіка і психологія вищої медико-фармацевтичної школи;
- розробка нових методів аналізу лікарських засобів для оперативного виявлення фальсифікованої продукції;
- розробка та валідація методів контролю якості лікарських засобів аптечного та промислового виробництва;
- судова фармація, фармацевтичне законодавство та доказова фармація;
- тара та пакування у фармацевтичній промисловості;
- технологія одержання оригінальних та комбінованих фармацевтичних засобів у різних лікарських формах;
- економічні механізми управління розвитком фармацевтичних підприємств в умовах упровадження міжнародних стандартів якості;
- управління якістю у сфері створення, виробництва і обігу лікарських засобів.
Перелік вимірювального та випробувального лабораторного обладнання,
рекомендований для використання здобувачами наукових ступенів